Třeboňsko (Jižní Čechy)

Sídlo správy CHKO je v Třeboni, která je i přirozeným centrem oblasti. Nejcennější lokality jsou chráněny v rámci 33 přírodních rezervací a památek, z toho mají 4 území status národní přírodní rezervace:

• NPR Velký a Malý Tisý u Lomnice nad Lužnicí
• NPR Stará a Nová řeka (nedaleko Třeboně)
• NPR Červené blato
• NPR Žofínka

Dvě území mají status národní přírodní památky:

• NPP Ruda (na jižním břehu Horusického rybníka)
• NPP Vizír (poblíž Hamru)

Nacházejí se zde i přírodní rezervace:

• PR Bukové kopce (nedaleko Chlumu u Třeboně)
• PR Horní Lužnice (na horním toku Lužnice u Dvorů nad Lužnicí)
• PR Písečný přesyp u Vlkova (nedaleko Veselí nad Lužnicí)
• PR Záblatské louky (nedaleko Záblatí u Ponědraže).