Na území Vodňanských Svobodných Hor mezi Bavorovem a Vodňany se těžily drahé kovy. V roce 1547 byly Vodňany povýšeny na královské horní město a tuto skutečnost dokládá i městský znak.

Na počátku 30leté války bylo město vypleněno, připraveno o majetek a v roce 1623 zastaveno donu Baltazarovi de Marradas, který je brzy prodal Schwarzenberkům. Vyplacením zástavy město 1705 opět získalo svobodu.

Podle městské kroniky v letech 1722, 1757 a 1781 propukly ve Vodňanech požáry, kterým podlehlo mnoho domů i významných historických památek. Rozšíření města v polovině 19. století si vyžádalo zboření městských bran a opevnění tvořeného vodním příkopem, parkány a několika čtvercovými baštami.

V roce 1900 dosahoval počet obyvatel Vodňan 4412. Rozvoj města umožnila hlavně železnice (Železniční trať Číčenice – Nové Údolí). Díky ní přišel do jihočeského města průmysl. Vodňany však neměly štěstí na hlavní železniční trať, která se městu obloukem přes Číčenice vyhnula.

V roce 1945 probíhala okolo Vodňan demarkační čára. Ve Vodňanech byly jednotky americké armády. Dne 12. května 1945 se v místní spořitelně setkali sovětští generálové Tichonov a Masovčuk s americkým generálem Brownem.