Vyšší Brod (Jižní Čechy)

V následných letech klášter pustl. Ale nepodařilo se prosadit plány místního JZD, které z něj chtělo udělat sklad zemědělské techniky, a z jeho nejcennějších částí bylo vytvořeno muzeum, nicméně do stavby se neinvestovalo a nemalá část movitého majetku byla rozkradena. Někteří mniši se dostali za hranice a v letech 1959-1990 existovala kvůli uchování jakési kontinuity formální unie Vyššího Brodu s klášterem ve štýrském Reinu. 

V roce 1990 se do kláštera vrátili první dva mniši - Vojtěch Ivo Kvapil, pozdější převor-administrátor, a Xaver Švanda. Postupně se podařilo obnovit komunitní život. V roce 2011 se komunita vyšebrodských mnichů rozhodla vrátit k tradiční liturgii. Vyšebrodský klášter je tak jediným místem v českobudějovické diecézi, kde je možno denně navštěvovat tridentskou mši. V průběhu sezóny (duben–září) je klášter přístupný veřejnosti, návštěvníky provádějí průvodci. Mimo sezónu je třeba návštěvu domluvit předem.

V klášteře je od konce 13. století až dodnes uchováván tzv. Závišův kříž, který cisterciákům daroval Záviš z Falkenštejna. Jedná se o relikviář s kusem dřeva z Kristova kříže, považovaný za jednu z nejvzácnějších středověkých zlatnických památek na českém území.

Klášterní kostel

Klášterní kostel Nanebevzetí Panny Marie (dostavěn ve 14. století) se čtyřmi kaplemi, jedním hlavním oltářem a osmi vedlejšími. V letech 2011–2012 prošel interiér generální opravou, a kostel byl proto uzavřen. Znovuotevřen byl 15. prosince 2012. Z chrámové lodi lze vystoupit do malé kostelní věžičky do tzv. Rožmberské oratoře, v níž je během turistické sezóny vystavován Závišův kříž.