Třicetiletá válka ovšem přerušila rozvoj města. Statky Smiřických z důvodu oddanosti rodu králi Fridrichu Falckému propadly císařskému fisku a byly roku 1623 prodány Trčkům z Lípy. Po zavraždění Adama Erdmana Trčky spolu s jeho švagrem Albrechtem z Valdštejna v Chebu roku 1634 připadly majetky opět koruně a od císaře je jako dar získal generál Ottavio Piccolomini, vévoda z Amalfi. Tímto se dostal Náchod do majetku italského rodu Piccolominiů, jehož vláda byla poznamenána válečnými událostmi a násilnou rekatolizací. V této době, v letech 1650–1659, však došlo také k rozsáhlé barokní přestavbě zámku. Stejně tak ve městě byly prováděny stavební práce a roku 1638 byla vydlážděna první ulice – dodnes zvaná Kamenice. Po požáru města roku 1663 byla postavena barokní stará radnice a byl též přestavěn kostel svatého Vavřince na náměstí. Měšťané získali v této době četná privilegia.

Po vymření rodu Piccolominiů roku 1783 měli v držení Náchod několik let Desfoursové, od nichž jej koupil známý milovník umění vévoda Petr Kuronský. Po jeho smrti v roce 1800 Náchod připadl jeho dceři, vévodkyni Kateřině Vilemíně Zaháňské a od poloviny 19. století až do roku 1945 německému rodu Schaumburg-Lippe.

Druhá polovina 19. století přinesla změny do života malého poddanského městečka. Vznikla městská samospráva, průmysl a železnice, rozvíjelo se školství, prudce vzrostl počet obyvatel. Stavební rozmach pokračoval až do 20. století a určil dnešní podobu středu města – byly postaveny např. novorenesanční nová radnice a secesní městské divadlo Dr. Josefa Čížka. Měšťanská společnost se v procesu národního uvědomění utvářela již v první polovině 19. století, z hospodářského hlediska však Náchod zůstával dlouho za sousedními městy.

Vedle řemesel, soustředěných nejprve v cechovních a později společenstevních organizacích, byl ve městě i celém okolí rozhodujícím činitelem textilní průmysl, jehož výroba byla organizována faktorskými firmami. Ty však nemohly zajistit dostatečně rychlý rozvoj a až v roce 1882 byly postaveny první dvě malé mechanické tkalcovny, které odstartovaly rychlý růst textilního průmyslu ve městě. Počátkem 20. století byl Náchod jedním z největších bavlnářských center Rakousko-Uherska (město zváno „Manchester východu“). V této době hrál významnou roli v životě města průmyslový proletariát, jehož dělnické spolky doplňovaly četné spolky občanské.