Husitské povstání přežil špitál i kostel bez větších úhon, husité se soustředili hlavně na gotickou katedrálu Panny Marie stojící v místech dnešního prvního zámeckého nádvoří, kterou zbořili v roce 1425.

V následujících letech na špitál přispívala obec ze zisků ze svých obchodů i panská vrchnost (Vratislav z Pernštejna založil nadaci r. 1629). Obec usilovala o úroky na lidech a s nimi špitál postupně nabyl poměrně velký majetek a stalo se z něj špitálské panství a velkostatek, jehož jmění spravovalo město. Tímto se stal zásadním pro uchránění majetku města po třicetileté válce, kdy se předválečný zisk měst vracel do područí vrchnosti. V roce 1761 již nebylo možné z důvodu změny finančních poměrů udržovat špitál z Toulovcovy nadace a proto byl počet špitálníků snížen na 12 osob. Roku 1839 byl velkostatek do té doby zapsaný v zemských deskách pro špitál vtělen do zemských desek pro město se závazkem starat se o špitál. V této době se z něj stal pouze chorobinec bez stálého působiště, 12 chudých starších občanů bydlelo různě ve městě a dostávalo příspěvky z Toulovcovy nadace, ještě 500 let po jejím založení.

Kromě městského špitálu byl v jeho bezprostřední blízkosti také zámecký špitál založený roku 1667 pro 12 osob, českobratrský špitál a v době blížícího se moru v roce 1735 také přibyly tři chalupy pro nemocné. V roce 1847 byla v Litomyšli založena městská nemocnice, která na sebe převzala funkci špitálů

Stavební etapy kostela