Ve vyšších polohách Javorníků převládají horské smrčiny s občasným výskytem jedle, níže ve svazích se částečně dochovaly původní bukové a jedlobukové lesy. V lesích se vyskytují velké šelmy včetně rysa, vlka a medvěda, které ze Slovenska přecházejí i na Moravu. Na českém území jsou Javorníky součástí CHKO Beskydy, na slovenském CHKO Kysuce. K nejvýznamnějším chráněným územím na české straně patří Galovské lúky – přírodní rezervace s četným výskytem orchidejí, vstavačů a dalších vzácných druhů rostlin. Nejvyšším vrcholem je slovenský Veľký Javorník (1071 m n. m.), nejvyšší horou moravské části Javorníků je Malý Javorník (1019 m n. m.). K hlavním střediskům sjezdového lyžování patří Kasárna pod Veľkým Javorníkem, Portáš a Kohútka.