Velký rozvoj město zažilo v 18. a 19. století, když se stalo druhým největším producentem sukna v tehdejší habsburské monarchii. V 19. století docházelo k rozvoji průmyslu a také k bourání částí hradeb a bran s úzkými průjezdy. Roku 1850 zde byl zřízen krajský soud. V letech
1864–1928 byla Jihlava poprvé statutárním městem. Roku 1923 byla k Jihlavě připojena obec Dřevěné mlýny. Do roku 1945 tvořila Jihlava se svým okolím druhou největší německou jazykovou enklávu na území českých zemí. Několik dnů po obsazení Němci byla vypálena synagoga. V
dubna 1945 byl partyzány poškozen most u Helenína a při přejezdu vlaku se převrátil. Akce je
hodnocena jako jedna z největších železničních diverzních akcí partyzánů v období Protektorátu Čechy a
Morava.
V roce 1969 se v Jihlavě na náměstí na
protest proti normalizaci upálil Evžen Plocek.
Od roku 2000 je Jihlava znovu centrem kraje,
který se nicméně z původního staronového názvu Jihlavský kraj brzy přejmenoval
na Kraj Vysočina. Patří tak spolu s Karlovými Vary mezi zdaleka nejmenší
česká krajská města.