Teplá klášter (Západočeské lázně)

Roku 1549 vymřel prakticky celý konvent (s výjimkou 2 členů) na mor. To ovšem opatovi nezabránilo, aby roku 1550 otevřel klášterní školu se 24 žáky. Když Jan Kurz roku 1559 zemřel, zanechal za sebou klášter přes všechna protivenství v poměrně konsolidovaném stavu. Pohřben byl v kapli v kapli sv. Voršily klášterního kostela a jeho náhrobek je jediný, který se zde viditelně dochoval.

Pronikání protestantismu mezi řádové bratry pokračovalo i za opata Jana Myšína (1559–1585), který mu čelil jak disputacemi s řeholníky, kdy se snažil tzv. zbloudilé přesvědčit o jejich nepravdě, tak odstraňováním učitelů nerespektujících katolická dogmata ze sboru klášterní školy. Obyvatele města Teplá se snažil pohnout k opuštění protestantismu hospodářskými úlevami, přičemž nejzatvrzelejší luteráni byli nuceni se vystěhovat. Protože většina obyvatel se za těchto podmínek postavila návratu katolicismu vstřícně, rozšířil městu trhová práva. V úspěšné taktice pokračoval i jeho nástupce Matěj Gehel (1585–1596), který pozitivní ekonomickou motivací rekatolizoval obce Úterý, Mnichov a Pístov, kterým po Myšínově vzoru udělil trhová práva a okolním vesnicím uložil prodávat na jejich trzích.

Roku 1611 klášter opět (již potřetí ve své historii) do základů vyhořel.

Další velká krize klášter potkala v období 30leté války. Na samém jejím počátku se zde ukryli kancléř Jan Slavata, prchající z Prahy po druhé pražské defenestraci, a arcibiskup Jan Lohelius. Od Slavaty se opat Ondřej Ebersbach (1599–1629) dozvěděl, že klášter je v přímém ohrožení. Opat se rozhodl zachovat věrnost císaři Rudolfu II. a klášter Teplá spolu s kláštery v Chotěšově a v Plasích vyslal císařskému vojsku na pomoc 158 vojáků.

Třicetiletá válka

Roku 1619 se poddaní kláštera vzbouřili a zvolili si ze svého středu nového opata (nějakého neznámého sedláka), ovšem protestanští páni si brzy majetek kláštera rozdělili. Řeholníci odešli do jiných klášterů a Ondřej Ebersbach obdržel doživotní rentu. Nakonec byl klášter vydrancován a opat zajat a nějakou dobu zadržován v Plzni.