Boje druhé světové války se Kynšperku vyhnuly, nicméně ovlivňovaly ho po celou dobu. Velká část mužské populace byla odvedena a chybějící pracovní síly nahrazovali totálně nasazení z Čech, ale třeba i SSSR. Například v Libavském Údolí, kde byla část textilky přestavěna na zbrojní výrobu, se nacházel tábor pracovních sil z SSSR. Ke konci války se do Kynšperka stáhli i ustupující jednotky wehrmachtu. Nedaleko Kynšperka v obci Klingen (nynější Hlínová) došlo k posledním ozbrojeným bojům 2. světové války v Evropě. Těsně před příchodem Američanů Němci ustoupili od plánu na obranu Kynšperka, vyhodili do vzduchu oba kynšperské mosty a ustoupili na levý břeh Ohře. Američané tak 6.5.1945 osvobodili Kynšperk bez boje.

Po osvobození města ustavili Američané vojenskou správu, jejíž prvním krokem bylo zajištění nacistických funkcionářů a kolaborantů. Zároveň také vykonávala dohled nad nově ustanovenou civilní správou. Ve městě pobývaly americké jednotky až do 24. 11. 1945. Od poloviny roku 1945 a během roku 1946 došlo k odsunu velké části německého obyvatelstva. Během tzv. „divokého odsunu“ a od března 1946 československým státem organizovaného odsunu odešlo cca 550 německých rodin. I přes poměrně výrazný příliv osídlenců z vnitrozemí, poklesl počet obyvatel o cca 40 %. Ještě výraznější byl podíl v okolních vsích, z nichž některé zcela zanikly.