Konec slávy Stonu přineslo zrušení Dubrovnické republiky, resp. její začlenění do habsburské říše. Rakouská správa rozprodávala zdejší hradby občanům jako stavební materiál a sama jej také používala pro své účely, mimo jiné na stavbu pomníku na paměť návštěvy Františka Josefa I. v Dalmácii. Do dnešní doby se tedy zachovala jen část opevnění, například ze 40 věží jich zbyla jen polovina.

V nové době byla učiněna přítrž tomuto řádění a zachraňovalo se to, co zbylo. Obnovu výrazně narušila srbsko-černohorská agrese v roce 1991, kdy právě tady došlo k urputným bojům o Dalmácii. Právě zde se Chorvatům podařilo zastavit pokus agresorů proniknout na Pelješac a odtud na jihodalmatské a středodalmatské ostrovy. V bojích bylo zničeno mimo jiné 65 % Malého Stonu. Ston sám utrpěl menší škody.

O pět let později, v r. 1996 postihlo Ston ničivé zemětřesení, které obrátilo historický střed městečka vč. Knížecího paláce v sutiny. Rekonstrukce hlavních památek je dnes již téměř dokončena. Byly obnoveny cenné historické stavby, hradby kolem města jsou zakonzervovány, obnoveny a zpřístupněny turistům.

V dubnu 2006 byl v zátoce Prapratna, 4 km jihozápadně od Stonu, otevřen nový trajektový přístav Prapratno, odkud nyní jezdí trajekty do Sobry na ostrově. Pláže v tomto místě jsou považovány za jedny z nejhezčích na Dubrovnické riviéře.