V 6. století Aquileia patřila Ostrogótům, Východořímské říši (Byzanc) a nakonec ji ovládli Langobardi. Právě v langobardské době město úplně zaniklo, protože probyzantský aquileiský patriarcha Paulinus odešel na Grado, které zůstalo pod správou Byzance.

Středověk

Během středověku město hrálo významnou církevní roli, ale nikdy nedosáhlo své antické monumentality. Když se Aquileiský patriarcha Maxentius v 9. století vrátil do Aquileii, nechal opravit jižní aulu starého raně křesťanského komplexu. Severní aula už obnovena nebyla, a tak se ani nedochovala. Maxentius zde vybudoval i kryptu, kterou vyzdobili řečtí malíři z Konstantinopole. Interiér baziliky je poznamenán pozdějšími gotickými přestavbami. V roce 1031 patriarcha Poppone z Aquileie baziliku zvětšil a také zde postavil zvonici v románském slohu. Zvonice stojí na místě, kde stála původní severní aula římského církevního komplexu. Na stavbu této zvonice byly použity kameny z římského amfiteátru. Za Popponeho prožívala Aquileia rozmach, byly zde vystavěny nové hradby a opraveny ty staré, římské. Římská křesťanská bazilika v části Monastero byla přestavěna na ženský klášter a monumentální budova římských skladů při patriarchální bazilice z konce 3. století byla tímto patriarchou přestavěna na patriarchální palác. V roce 1348 Aquileii postihlo zemětřesení a interiér baziliky rekonstruoval patriarcha Marquardt v gotickém slohu. Na románskou zvonici byl nadstaven gotický špic.

Dějiny Aquileiského patriarchátu