Koncom 13. storočia sa Bojníc zmocnil uhorský veľmož Matúš Čák Trenčiansky a hrad mu patril do roku 1321. Po Matúšovi Čákovi sa v Bojniciach v 14. a 15. storočí vystriedali ako majitelia nasledujúce šľachtické rody - Gilethovci, Leustachovci, Noffryovci. Výsledkom vtedajších stavebných aktivít je dodnes zachovaný pôdorys v tvare pretiahnutého oválu strednej obytnej časti hradu postavenej okolo malého nádvoria so studňou.

Bojnický hrad i panstvo vždy boli kráľovským majetkom. Kráľ ich prideľoval do zálohy alebo dedičného vlastníctva oddaným veľmožom. V roku 1489 kráľ Matej Korvín daroval bojnický hrad spolu s panstvom svojmu nemanželskému synovi Jánovi Korvínovi. Podľa povestí sám kráľ Matej rád chodieval do Bojníc a sedával pod lipou oproti vstupu do hradu, ktorú nazvali lipou kráľa Mateja. V jej tieni diktoval úradné listiny, ktoré začínajú : "Sub nostris dilectis tillis Bojniciensibus". Po smrti kráľa Mateja sa hradu zmocnili Zápoľského vojská a obývali ho až do roku 1526. Vtedy bolo vybudované mohutné hradné opevnenie, ktoré zostalo zachované v murive aj s vežami dodnes. K vstupnej bráne s padacím mostom, sa pripájali vnútorné hradné múry prerušované v pravidelných odstupoch štyrmi vežami. Zároveň bolo budované aj vonkajšie parkanové opevnenie.

V roku 1527 daroval kráľ Ferdinand I. hrad Alexejovi Thurzovi. Thurzovci hrad upravili a prestavali na pohodlné renesančné sídlo. Pôvodný gotický hrad dostal takto charakter renesančného zámku s rovnako vysokými obytnými budovami zoskupenými okolo vnútorného nádvoria. Túto podobu hradu máme zachovanú na kresbách mestečka a hradu od J. Ledentua.