Další dějiny kláštera

Po roce 1276 byl klášterní areál zničen Vítkovci. Statuta generální kapituly hovoří o zničeném místě (locum destructum). Panovník chtěl přenést ústav do bezpečnějšího místa, zemřel však dříve, než mohl záměr uskutečnit. Klášter byl obnoven (1291) až za vlády Václava II., kdy přišli mniši z Plas, aby obnovili duchovní život. Obnovený konvent obdržel darované statky od pánů z Bavorova a z Michalovic. Později klášter začal rozvíjet kolonizační aktivitu (např. 50 nových vsí na Boleticku), která v českém cisterciáckém prostředí nemá obdoby. 

Roku 1354 klášter vyhořel. Pracoval zde kameník Michal Parléř. Ve 14. století převládaly spory o hranice klášterního panství s majiteli vitějovického panství (Verner, Racek, Přibík), s vyšebrodským klášterem a zejména s vyšehradskou kapitulou (v letech 1360 až 1396 o oblast Prachaticka). Většina sporů byla rozsouzena ve prospěch zlatokorunských cisterciáků. Na přelomu 14. a 15. století došlo k prudkému zhoršení hospodářské situace. Cenné věci byly odeslány do premonstrátského kláštera v Rakousku (Schlägl, česky Drkolná). Část pokladu s archivem byla tehdy uložena v Českém Krumlově. 

Roku 1420 byl klášter dvakrát přepaden a vypálen husitskými vojsky (jednou pod vedením Jana Žižky), mezi nimiž byli poddaní kláštera. Později klášterní zboží obsadil Oldřich II. z Rožmberka jako zástavu od krále Zikmunda Lucemburského. Rožmberk se už pak tohoto majetku nevzdal a připojil ho ke krumlovskému panství. V r. 1601 prodal Petr Vok z Rožmberka krumlovské statky (spolu se zlatokorunským) císaři Rudolfu II. a r. 1622 Ferdinand II. věnoval zboží Janu Oldřichovi z Eggenberku. Majetky se klášteru nevrátily ani za Schwarzenberků (od r. 1719).

Ve 2. polovině 16. století byl postaven malý konvent s refektářem a opraveno opatství. Roku 1665 byla dokončena barokizace areálu. V té době, za éry posledního opata Bohumíra Bylanského, prožíval klášter druhé znovuzrození. Za jeho působnosti vznikla bohatá výzdoba nástěnných maleb a oltář byl osazen detaily z dílny sochaře Jakuba Eberleho.